제5판에서의 의학용어 작업 원칙은 다음과 같다.
1. 의학용어집 넷째 판의 쉬운 한글 용어 채택의 정신을 살리되, 생소한 한글 용어에 불편을 느끼는 사용자를 위해 기존의 한자어 용어를 가능한 되살려 병기한다. 이 경우에 사용자의 기호에 따라 한글용어든, 한자용어든 어떤 용어를 사용해도 무방하다.
2. 의학용어집 넷째 판 및 필수의학용어집에서 번역에 오류가 있는 용어를 수정한다.
3. 전문 학회의 의견을 수렴, 반영한다.

2001년에 발간된 4집까지의 의학용어 작업이 획기적인 토박이 한글화 였다면 5판의 전체적인 흐름은 순수한 해부학 용어는 우리말 용어로 하되 임상에서 실제 쓰이는 의학용어를 최대한 존중하려한 것이 특징이다.
5판 작업은 2006년 4월 의학용어실무위원회를 구성하면서 시작돼 대한의사협회 100주년에 맞춰 통상 7~8년의 작업 기간을 최대한 단축, 3년만에 완성됐다.
의학용어실무위원회(위원장 강종명 한양의대 교수)는 우리말 용어를 만드는 것에 대한 큰 원칙에는 동의했으나 그 과정이 너무 급격해 한자용어 사용에 익숙한 기성세대의 반발을 불러일으켰다고 판단, 5판에서는 전문학회의 의견을 최대한 수렴·반영함으로써 언어사용의 현실성을 반영했다.
이전의 4집에선 한글화 작업이 대대적으로 수행돼 3판에 없던 용어가 5000개 이상 들어갔고, 기존에 있던 용어도 새 용어로 대치 내지 배열순서 바뀜이 2000개 이상이었으나 5판은 이전에 삭제된 한자식 우리 용어를 대폭 복원했다.

강종명 의학용어실무위원장
"쉬운 한글 용어 채택의 정신은 살리되 생소한 한글용어에 불편을 느끼는 사용자를 위해 기존의 한자어 용어를 가능한 되살려 병기했으며, 4집 및 필수의학용어집에서 번역에 오류가 있는 용어를 수정하고, 전문학회의 의견을 수렴·반영한다"